题目内容：

植物的果实的表面覆盖着果皮，就像一道屏障，保护着果实内部的各种组织。为探究果皮的保护作用，某同学设计了以下实验：取一个新鲜的番茄果实，用水冲洗干净后，用牙签划破果皮，再把它放入塑料袋中，扎紧袋口。然后，把这个塑料袋放到恒温箱中，控制温度为25 ℃。一个星期后，取出塑料袋，观察发现苹果开始腐烂。该同学由此得出结论：果皮对果实内部有保护作用。

（1）该同学提出的问题是_____________________________________？

（2）该同学作出的假设是_____________________________________；

（3）实验中的变量是_________________________。

（4）该同学所设计的实验方案有一处明显缺陷，请指出来：                   ；并修改完善：        。